A gestão do Instituto é exercida pela Diretoria Executiva, composta pelo Diretor-Presidente, pelo Diretor do Departamento Administrativo-Financeiro e pelo Diretor do Departamento de Benefícios, aos quais compete, no âmbito de suas atribuições, praticar os atos de administração e executar as atividades necessárias ao funcionamento e à gestão previdenciária. A estrutura de governança é complementada pelo Conselho Deliberativo e pelo Conselho Fiscal, órgãos colegiados responsáveis, respectivamente, pela definição das diretrizes gerais e pela fiscalização e controle da gestão financeira e contábil. O Conselho Deliberativo é composto por 8 (oito) membros e o Conselho Fiscal por 4 (quatro) membros, todos servidores municipais.Integra também essa estrutura o Comitê de Investimentos, composto por 5 (cinco) membros, responsável por assessorar o Conselho Deliberativo na formulação e no acompanhamento da política de investimentos do Instituto.